Alors qu’il s’est arrangé pour retrouver l’agent Jodie dans un temple, notre héros se retrouve de nouveau confronté à un meurtre. La victime est une pickpocket qui laisse trois pièces noires dans les poches de ses victimes. Conan pense que c’est une de celles-ci l’assassin, mais toutes ont encore en leur possession leurs trois pièces. Plus tard, il vient en aide à Kogoro qui enquête dans un bar à la demande de la serveuse qui a entendu de drôles de bruits.
L’enquête, d’abord anodine, change quand à une table, le patron d’une société est assassiné. Plus tard, Conan et Ran retrouvent Sera qui enquête sur la fidélité d’un homme. Ce dernier devient un suspect quand son ex est retrouvée morte. Enfin Conan doit résoudre le meurtre d’un prof. Et cela ne sera pas facile car dans les suspects se trouve Makoto, le petit ami de Sonoko.

Conan et Sera finissent pas résoudre l’affaire de la piscine. Plus tard, Conan et les jeunes détectives se retrouvent impliqués dans la mort d’une romancière. Grâce à un témoin, trois personnes sont suspectées du meurtre. Mais tous affirment que la romancière était déjà morte quand ils sont venus la voir. De plus, le témoin, un jeune garçon ne se souvient plus de l’ordre dans lequel ils sont venus.
Après cela, Conan part enquêter avec Heiji dans une auberge où se trouverait un kamaitachi. Quand celui-ci tue un homme, l’affaire prend une autre tournure. Et pour finir notre jeune héros se retrouve plongé dans des meurtres en série touchant des policiers.

Imaginez un Sherlock Holmes moderne, âgé d’à peine 17 ans, vivant à la fin des années 1990 ! Comme si cela ne suffisait pas, imaginez en outre qu’il a l’apparence d’un petit garçon de 6 ans… Victime d’une mystérieuse organisation d’hommes en noir qui l’ont empoisonné et l’ont ainsi fait redevenir un enfant, cet adolescent se retrouve contraint de retourner à l’école primaire et, tout en veillant à ce que le secret de sa nouvelle identité soit préservé, il mène des enquêtes et résout des affaires ténébreuses et autres meurtres inexpliqués.