Yugi s’est fait de nouveaux amis qui sont Jonouchi et Anzu, une camarade de classe qui ne le laisse pas indifférent. A chaque fois que se présente une situation délicate, le deuxième Yugi entre en scène. Les jeux de Yugi commencent à se faire connaitre. C’est ainsi qu’un certain Seto Kaiba vient le défier. Mais, il ne fait pas le poids et essuie une défaite qui le laisse amer. Intrigué par son pendentif millénaire, Shadi, un mage de la civilisation égyptienne, se présente à Yugi et découvre à ses dépens, la face cachée du jeune garçon.

Les participants arrivent dans le deuxième terrain de jeu. Après maintes péripéties, Yugi prend finalement le dessus sur Kaiba dans un duel de cartes acharné et plonge ce dernier dans une forme de coma mystique.

Maintenant, Yugi doit affronter un redoutable adversaire à Magic & Wizard. Ce n’est autre que le créateur du jeu lui-même ! Et il semble prévoir tous les coups de notre héros !